たとえシステムの使い始めにシステム上の在庫数を実際の在庫数に正確に合わせたとしても、 お店の活動を続けていけば必ず在庫数の狂い、すなわちシステム上の在庫数と実在庫数の不一致が生じます。 これは以下の理由によります。
システム在庫数が実在庫数に一致していなければ、様々な弊害が起こってきます （在庫を参照してください）。 これを避けるために棚卸を行います。
※引当中の品物は在庫に含めません。 棚卸の際にはそれらを無視してください。
棚卸を行う時期と範囲としては以下の二つがあります。
(1)の場合には、商品とその数量を指定して棚卸（在庫数修正）を行うだけの簡単な操作です。 (2)の場合は、まず棚卸の開始処理を行い、複数回のデータ入力を行っていき、 無効データについてさらにデータ入力を行い、最後に棚卸終了処理を行うという操作になります。
日常業務の中で、システム在庫数量の異常を発見したときにそれを修正します。 デポと商品（複数）を指定して、 その在庫数だけを修正しますが、デポ在庫数を修正するとその商品について全体在庫数も自動的に再計算されます。
デポ在庫修正も棚卸のうちですから棚卸履歴として記録されますが、 次に述べる棚卸とは異なり、一つの画面入力だけで処理を終えるような性質のものです。
本システムにおける「棚卸」とは以下のようなものを想定しています。
このため、棚卸の実行は「一つの画面だけでデータを入力して画面を閉じるときに完了する」 などという操作方式にするわけにはいきません。そうではなく、次のような操作になります。
すなわち、店を開けながら棚卸を行った場合は、無効になった商品について棚卸をやり直す 必要が出てきます。
ここで、「商品数量を確認した時刻と同じ商品がレジを通った時刻を比較し、数量を調整すれば 数量を無効にすることは無いのではないか？」と思われるかもしれません。 しかし、顧客が商品をカゴに入れたまま長時間店内にいるという場合もあるかもしれません。 ですから、棚卸数量の把握時刻とレジを通った時刻がわかっても正しい数量には補正できません。
したがって、再度の棚卸調査を避けるためには（可能であれば）店を閉めて行うのが良いと思われます。
以下の条件を指定して棚卸を開始します （いったん棚卸を開始すると、 それを終了するかキャンセルするまでデポ在庫修正や別の棚卸の実行はできません）。
全店・全商品の場合には、存在するすべての商品について棚卸を一度に行うということです。
一般的には、一つのデポ・全商品とした方が棚卸がやりやすいかと思われます。 例えば、店を閉めて店舗デポの全商品について棚卸を行い、店を開けて倉庫などの非展示デポの棚卸を行うなどです。
一つのデポ・特定の商品は、意味としてはデポ在庫修正と同じです。
棚卸一覧画面にて説明します。